「瑞鹿山」と白書された扁額は、数々の天災を免れてきたもので、１５世紀に在位された後土御門天皇の御宸筆とされています。

開山・無学祖元が円覚寺創建にあたり法話を説いていると、山中から現れた白鹿も聞き入ったとの逸話から、この山号が付けられました。

総門の築地塀には、門跡寺院級の格式を示す五本の白線が刻まれています。